U hebt geen ON-clausules nodig in JPA, omdat de JPA al weet hoe entiteiten zijn gekoppeld dankzij de mapping-annotaties.
Bovendien selecteert u application , wat geen alias is die in uw zoekopdracht is gedefinieerd.
En je joins slaan nergens op.
De vraag moet gewoon zijn
select application FROM Application a
join a.customer c
join c.users u
where u.id = :userId
Lees de Hibernate-documentatie om te begrijpen hoe HQL en joins werken.