UPDATE table AS t
JOIN table AS tt
ON t.initials = tt.initials
AND t.surname = tt.surname
AND t.company = tt.company
AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;
Dat wil zeggen, werk deze voor elke rij bij als er nog een rij bestaat met een lagere id, met dezelfde initialen, achternaam en bedrijf.
Hier is een sqlfiddle ervoor.