Ik weet niet waarom het ineens langzamer werkt, maar ik raad aan om het te converteren naar een join, die beter zou moeten presteren:
SELECT t.*
FROM temp_company t
LEFT JOIN company c ON c.number = t.number
WHERE c.number is null
Dit is een vrij standaard manier om een not in (...) aan te pakken via een join, en werkt omdat outer joins niet match hebben nulls in de kolommen van de samengevoegde tabel.