Ik heb dit probleem eerder gehad. De eigenschap ConnectTimeout is alleen van toepassing op time-outs die optreden wanneer verbinding wordt gemaakt met de database, niet voor query's.
OpdrachtTime-out specificeert echter hoe lang het moet wachten voordat de query wordt geretourneerd. Ik geloof dat de standaard 30 seconden is. Controleer nogmaals de documentatie voor uw MySql-bibliotheek, maar voor SqlCommand is de CommandTimeout in seconden en niet in milliseconden.