Ik heb veel van de Zend_Db-component voor Zend Framework ontwikkeld via de 1.0-release. Het was de bedoeling dat de adapters identiek functioneren, of er zo dicht mogelijk bij liggen als de PHP-extensie zou kunnen ondersteunen.
Dezelfde set eenheidstests kan worden uitgevoerd tegen beide MySQL-adapters, met vrijwel geen verschil. Qua prestaties is er geen meetbaar verschil.
De reden dat je de een boven de ander zou kiezen, en de enige reden waarom we Mysqli überhaupt ondersteunden, in plaats van alleen PDO_MySQL, is dat je moet implementeren in een PHP-omgeving waar de PDO-extensie niet is ingeschakeld, en je niet niet het voorrecht hebben om de omgeving te wijzigen. Bijvoorbeeld een commodity-hostingomgeving.