Het is zeer waarschijnlijk dat het netwerk is uitgeschakeld, wat betekent dat de mysql-server met clients communiceert via UNIX-sockets en niet via TCP/IP. U kunt dat controleren door de mysql-client uit te voeren en de opdracht "status" uit te voeren. Als je daar het poortnummer ziet, communiceert je mysql-server via TCP/IP, anders zie je zoiets als "socket pathname...", haal de padnaam op en geef deze aan node.js-verbindingsparameters, bijvoorbeeld
...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...
Bekijk dat in https://github.com/felixge/node-mysql pagina (zoek op "socketPathname")
Hoop, dat is jouw probleem.