In plaats van te proberen de object-tree op te bouwen, kunt u direct proberen het resultaat in een bestand te selecteren:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/select.html
Iets als
SELECT * INTO OUTFILE "c:/temp/mycsv.csv"
FIELDS TERMINATED BY ',' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY "\n"
FROM theTable;
Dit zou de taak aan mysql moeten overlaten en eventuele beperkingen van het php-geheugen moeten omzeilen.
Zoals Venca opmerkte:in dit geval heeft de gebruiker waaronder u de mysql-service uitvoert, schrijfrechten nodig voor de betreffende map.