De tweede werkt niet, omdat u drie tijdelijke aanduidingen gebruikt in de queryreeks en slechts één variabele voor interpolatie opgeeft.
updateIndexMySQLQuery = """UPDATE %s
SET numberID=%%s WHERE numberID=%%s;""" % (tableName,)
Op deze manier verwacht het tekenreeksopmaakmechanisme niet dat je 3 waarden opgeeft, omdat de procenttekens "ontsnapt" zijn (schande voor de eerste versie van het antwoord).