Controleer de configuratie van de twee motoren. Het is mogelijk dat de configuratie van uw InnoDB-engine efficiënter is voor uw zoekopdrachten dan de manier waarop u MyISAM heeft ingesteld.
Een belangrijke configuratiewaarde is innodb_buffer_pool_size, dat is waar InnoDB gegevens in de cache opslaat (en indexen, maar je hebt geen indexen).