Veel, veel dingen kunnen deze fout veroorzaken . In mijn ervaring is het meestal een SQL-bestand van meer dan 1 MB, of de wait_timeout in je servers my.cnf is erg laag ingesteld (zestig seconden) moet goed worden afgesteld. Probeer bij het implementeren van my.cnf een wait_timeout 86400 en een max_allowed_packet van "genoeg" om dat bestand te importeren.
Bijvoorbeeld:
[mysqld]
wait_timeout = 86400
max_allowed_packet = 1GB
ps. Ik zou dit hoge aantal parameters niet aanbevelen bij daadwerkelijke productie.