Lessen op je originele <select> worden gekopieerd naar de <div> gegenereerd door Select2, dus u hoeft niet te verwachten dat u uw originele <select> . krijgt gewoon door een klassenkiezer te gebruiken.
Wat er op dit moment gebeurt, is dat u de .html() . instelt van de <div> in plaats van de <select> , waardoor het niet meer correct wordt weergegeven. In plaats van te doen
$(".cr_coursedescription").html(html);
Je zou het eens moeten proberen
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Het krijgt dus alleen de <select> element.