Stop eerst MySQL (en zorg ervoor dat er geen MySQL-processen draaien), verwijder de ib_logfile*-bestanden uit de mysql-gegevensdirectory en start MySQL opnieuw. Vervolgens worden deze bestanden opnieuw gemaakt. Dit zijn de commando's:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Het bovenstaande verplaatst de logbestanden naar de thuismap van de gebruiker voor het geval we ze moeten herstellen.