Aangezien de server-side voorbereide verklaringen zijn standaard uitgeschakeld van Connector/J 5.0.5 op , is er een redelijke kans dat in combinatie met de introductie van fractionele tweede ondersteuning in MySQL 5.6.4 ze veroorzaken uw probleem.
Probeer useServerPrepStmts=false toe te voegen naar uw verbindingsreeks (die er ook voor moet zorgen dat System.out.println drukt echt de SQL af die wordt uitgevoerd en niet slechts een benadering).