Ik stel graag het volgende ontwerp voor (net zoals dat van jou):
Allereerst hebben we drie tafels
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Heb dan twee tabellen om de relatie op te slaan
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId