WebSphere MQ-persistentie is altijd een lokaal bestandssysteem voor gedistribueerde platforms. Op het mainframe is er de mogelijkheid om een DB2-database te gebruiken in een Sysplex met een koppelingsfaciliteit, maar voor al het andere is het een bestandssysteem.
Er is ook geen lokale persistentie voor WebSphere MQ-clients. Alleen de wachtrijbeheerder zal berichten bewaren.
In de WebSphere-familie heeft de System Integration Bus van WebSphere Application Server de mogelijkheid om een database te gebruiken voor de persistentie van berichten. SIBus is een JMS-implementatie voorzien van WAS voor het uitwisselen van berichten in de WAS-cel en tussen WAS-instanties.