Dit is gewoon een kwestie van de corresponderende kolom bijwerken.
Afhankelijk van ... hum ... je humeur (?) zou je kunnen proberen:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Of
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Of
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);