Ik denk niet dat je md5-ied user_id de update-query doorgeeft, want in top if condition is er geen md5()-functie die de taak uitvoert en je moet er ook zeker van zijn dat hoe de waarde wordt opgeslagen in de database, is het md5- ied user_id of normale user_id? als voor md5 user_id het zo probeert,
if(isset($_GET['user'])){
$id = $_GET['user'];
$id = md5($id);
$sql = "UPDATE request SET email_verification=1 WHERE Id='$id'";
$result = $conn->query($sql);
if ($result === TRUE) {
header('Location: index.php');
}
else {
echo "Error updating record: " . $conn->error;
}
}