Nee, mysqli_query zal het isolatieniveau niet automatisch wijzigen. Verbinding maken via mysqli is in veel opzichten hetzelfde als verbinding maken via de mysql cli. In beide gevallen krijgt u het standaard isolatieniveau. En net als de cli kan mysqli geen aannames doen over welke uitspraken door de verbinding zullen komen.
Hoe dan ook, als je goede redenen hebt om je zorgen te maken over het isolatieniveau, denk ik dat je het gewoon expliciet moet instellen, bijvoorbeeld:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
Op die manier kun je ervoor zorgen dat je het isolatieniveau hebt dat je wilt, en je kunt je redenen in de code becommentariëren.