Ik heb geen MySQL op deze machine om te testen, maar ik denk
SELECT myCol
FROM myTable
WHERE myCol REGEXP '^[0-9][0-9][A-Z]$'
Zou het moeten doen. ^ is een anker voor het begin van een string, $ voor einde van string en de rest zou voor zichzelf moeten spreken.
Het lijkt erop dat je ook REGEXP '^[[:digit:]][[:digit:]][[:alpha:]]$' kunt gebruiken maar volledig niet getest en gewoon uit de documenten.