JDBI is niet erg geschikt voor het construeren van dynamische queries. IMO het hele punt van deze bibliotheek is om code en SQL-query's zoveel mogelijk te scheiden.
Uw specifieke geval kan echter worden opgelost door middel van SQL:
COALESCE(:foo, foo)
als 'foo' de naam is van de kolom in de tabel, en :foo wordt omgezet in NULL, dan is mysql SET effectief
SET foo=foo
d.w.z. het zal niets doen (wat in uw geval gewenst is). Als :foo niet null is, is het gelijk aan
SET foo=:foo