Het uitvoeren van een mysql-query vanuit phpmyadmin veranderde slechts 1 record. Geprobeerd ssh maar zelfde probleem

Uw SELECT-query mist een GROUP BY-clausule. Waarschijnlijk bedoel je:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name