Het lijkt erop dat je waarschijnlijk een van de databases wilt laten fungeren als een slaaf voor de andere, op die manier worden alle updates op de meester automatisch doorgegeven aan de slaaf. De MySQL-documentatie heeft hier veel details over.
Als je beide databases wilt bijwerken en ze naar de andere wilt laten repliceren, denk ik dat het ook mogelijk is om MySQL te configureren om multi-masterreplicatie te gebruiken.