Nou $company->employees retourneert een verzameling, ->id is geen eigenschap in de verzameling, daarom krijg je de foutmelding.
Als u een array wilt ophalen met alle id's van uw medewerkers, kunt u dit doen:
$company->employees()->lists('id');
Als je dit leest en laravel ^5.3.* . gebruikt dan zou het antwoord zijn:
$company->employees()->pluck('id');
Dit zou een verzameling met alle id's retourneren, als je wilt dat het een array is, kun je de ->toArray() ketenen erachter.