Dus uiteindelijk heb ik de fputcsv gebruikt om de gegevens die ik heb gewijzigd in een nieuw CSV-bestand te plaatsen, en vervolgens heb ik de opdracht LOAD DATA INFILE gebruikt om de gegevens van het nieuwe csv-bestand in de tabel te plaatsen. Dit veranderde het van een time-out bij 120 seconden voor 1000 inzendingen, in ongeveer 10 seconden om 10.000 inzendingen te doen. Bedankt aan iedereen die heeft gereageerd.