Vind het wiel niet opnieuw uit. Wat je nodig hebt, bestaat al bijna out-of-the-box:
<?php
$result = exec("/path/to/mysqldump -u$username -p$password your_database your_table > /desired/output/path/dump.sql");
Misschien wil je de inhoud van $result . controleren om er zeker van te zijn dat alles soepel verliep.