Ik weet niet hoe je de CSV's importeert, maar ik zou het doen door een script (php/perl) te schrijven om elk bestand te lezen, de tijdstempel naar boven af te ronden of in te korten tot seconden en INSERT-instructies op de DATABASE uit te voeren.
Iets als
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Voer dit uit vanaf de opdrachtregel en het zou het werk moeten doen