In een server van 1 GB mag innodb_buffer_pool_size niet groter zijn dan ongeveer 200M. Als u deze instelt op 800M, wordt er gewisseld. MySQL verwacht dat zijn caches in het RAM blijven; wanneer ze naar schijf worden verwisseld, lijden de prestaties er vreselijk onder.
Uw tabel is waarschijnlijk te groot om volledig in de cache te worden opgeslagen. Dus een "tabelscan" blaast de cache uit, waardoor de cache onbruikbaar wordt en de query op schijfsnelheid wordt uitgevoerd. Zoek een manier om dergelijke zoekopdrachten te vermijden, of zorg voor meer RAM.