Het hangt af van welke opslagengine u gebruikt. MyISAM-tabellen ondersteunen geen geclusterde indices, dus primaire sleutels op MyISAM-tabellen zijn niet geclusterd. De primaire sleutel op een InnoDB-tabel is echter geclusterd.
U moet de MySQL-handleiding raadplegen voor meer informatie over de voor- en nadelen van elke opslagengine.
U moet een primaire sleutel hebben; als u er zelf geen maakt, maakt MySQL een verborgen voor u. Je kunt altijd gewoon een AUTO_INCREMENT-veld maken voor de primaire sleutel (dit heeft de voorkeur boven dat MySQL verborgen velden in je tabel heeft, denk ik).