Ik heb hetzelfde probleem gehad. De provider die ik moest gebruiken, had alleen MyISAM en ik heb het ontwikkeld in InnoDB. Het is mogelijk om te migreren omdat het lijkt alsof MyISAM alle FK-commando's negeert die je gebruikt bij het maken van het schema.
Ik gebruikte een eenvoudige export van Mysql workbench en importeerde schema en inhoud in de externe host.
Ik denk dat de beperkingen van de database behouden zouden blijven sinds ik InnoDB heb ontwikkeld en getest met FK-controle. Als uw code solide is, zou het risico minimaal moeten zijn dat de database de integriteit verliest. Maar er kunnen natuurlijk gevallen zijn van onvoorziene problemen met de sleutels als u bepaalde beperkingen in uw code niet beheert.
Een overzicht van de InnoDB en MijnISAM opslagengines kunnen u het antwoord geven als u op iets anders hebt vertrouwd dat de twee onderscheidt.