Ik heb in het verleden een soortgelijk probleem gehad, dus ik ben benieuwd naar een oplossing voor deze vraag. De opmerking van Aaron Bertrand op de OP leidde tot Query time-out wanneer uitgevoerd vanaf internet, maar supersnel wanneer uitgevoerd vanaf SSMS , en hoewel de vraag geen duplicaat is, kan het antwoord heel goed van toepassing zijn op uw situatie.
In wezen klinkt het alsof SQL Server een beschadigd uitvoeringsplan in de cache heeft. U treft het slechte plan met uw webserver, maar SSMS komt op een ander plan terecht omdat er een andere instelling is op de ARITHABORT-vlag (die anders geen invloed zou hebben op uw specifieke zoekopdracht/opgeslagen procedure).
Zie ADO.NET die T-SQL Stored Procedure aanroept, veroorzaakt een SqlTimeoutException voor een ander voorbeeld, met een meer volledige uitleg en oplossing.