Opgelost. Na bijna alle mogelijke prestatiestatistieken te hebben getest en elk stukje code te hebben onderzocht, ontdekte ik dat de fout werd veroorzaakt door een beetje verouderde databasecode. Het belangrijkste probleem werd veroorzaakt door code die gebruikmaakt van:
SqlConnection.ClearPools;
Voor toekomstig gebruik, andere ontwikkelaars die hun code willen debuggen en verbindingspools willen beheren, is hier een uitstekende bron te vinden:http://www.codeproject.com/KB/dotnet/ADONET_ConnectionPooling.aspx