Ik heb het opgelost door de onderstaande regels toe te voegen in App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
en dit in Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Omdat dit proces meer dan 10 minuten duurt, vond ik dat ik deze waarde moest overschrijven met een hogere.