Hibernate haalt alle JDBC-verbindingen op van een verbindingsfabriek en deze fabrieksinstellingen voor verbindingen bepalen het DB-schema waartegen alle Hibernate-query's/-updates worden uitgegeven. U kunt uw applicatie configureren met meerdere SessionFactory instances, elk met een verbindingsfactory die verwijst naar een ander databaseschema. Vervolgens kun je tijdens runtime een van de juiste SessionFactory kiezen om mee te werken.
Een eenvoudigere oplossing zou zijn om meerdere exemplaren van uw webtoepassing uit te voeren, één voor elke klant.