Ik had een soortgelijk probleem en downloadde de jar van http://mvnrepository.com/artifact/org.freemarker/freemarker, wat goed werkte.
Als je kijkt naar build.gradle in het DaoGenerator-project vind je een afhankelijkheid die precies naar dit artefact verwijst. Ik denk dat als je gradle gebruikt om je project te bouwen, deze afhankelijkheden automatisch worden gedownload, net zoals maven dat doet. Als je geen van beide wilt gebruiken, is het waarschijnlijk prima om de artefacten handmatig te downloaden en toe te voegen.