Ik had hetzelfde probleem en maakte een lichtgewicht PHP-klasse om opmaak/syntax highlighting te doen.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Ik heb het niet volledig getest met complexe zoekopdrachten (subselecties, vakbonden, enz.), maar het lijkt redelijk goed te werken voor veelvoorkomende gevallen.
Om volledig nauwkeurige resultaten te krijgen, heb je echt een volledige SQL-parser nodig zoals phpMyAdmin gebruikt, maar die gebruikt meer dan 10.000 regels code verspreid over veel bestanden en is waarschijnlijk overkill voor eenvoudig debuggen.