Ik weet dat dit oud is, maar de Google-zoekopdracht voor dat probleem wijst hier. Dus hier is het antwoord:
Debian en Ubuntu beperken de toegang voor mappen. U moet daarvoor de map phpmyadmin gebruiken.
In Ubuntu is dit "/etc/phpmyadmin/" (zonder de aanhalingstekens).
Dus de configuratie zou zijn:
$cfg['UploadDir'] = '/etc/phpmyadmin/';