In het geval dat iemand anders met deze fout wordt geconfronteerd. Het is een probleem met pyenv. Zelfs na
sudo apt-get install python3-gdbm
de bibliotheek wordt in het systeem geïnstalleerd, maar niet in de pyenv. Dus de oplossing die hier wordt beschreven:
GDBM werkt niet met Python 3.6 en anaconda
De stappen zijn hetzelfde voor pyenv.