U kunt dit doen door $unwind de updates array, de resulterende documenten sorteren op date , en dan $group ze weer bij elkaar op _id met behulp van de gesorteerde volgorde.
db.servers.aggregate(
{$unwind: '$service.apps.updates'},
{$sort: {'service.apps.updates.date': 1}},
{$group: {_id: '$_id', 'updates': {$push: '$service.apps.updates'}}},
{$project: {'service.apps.updates': '$updates'}})