Mongoose maakt meervoud van de naam van het model omdat het deze goede gewoonte voor een 'verzameling' van dingen beschouwt als een meervoudsvorm. Dit betekent dat wat u momenteel in code zoekt, een verzameling is met de naam "users" en niet "user" zoals u zou verwachten.
U kunt dit standaardgedrag overschrijven door de specifieke naam voor de gewenste verzameling op te geven in de modeldefinitie:
var userModel = mongoose.model('user', userSchema, 'user');
Het derde argument daar is de collectienaam die moet worden gebruikt in plaats van wat wordt bepaald op basis van de modelnaam.