Een bepaalde mongo-database wordt opgedeeld in een reeks BSON-bestanden op schijf, met een toenemende grootte tot 2 GB. BSON is zijn eigen formaat, speciaal gebouwd voor MongoDB.
Deze dia's zouden al uw vragen moeten beantwoorden:
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database