Dit is de zoekopdracht die u moet gebruiken:
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
U moet de "where"-clausule specificeren om het document te vinden dat u wilt bijwerken. U mist ook de positionele operator $, u moet deze gebruiken omdat zoekopdrachten meerdere resultaten kunnen hebben.