Ik had hetzelfde probleem met mongo 3.0.0 en 3.1.9 met een relatief kleine database (12 GB).
Nadat ik hier ongeveer 4 uur tijd aan had verspild, vond ik een oplossing met verborgen parameter
mongorestore --batchSize=10
waarbij het aantal varieert afhankelijk van de aard van uw gegevens. Begin met 1000.