Ok, ik heb de oplossing gevonden om de base64-string in een GUID-formaat binnen het knooppunt te krijgen, om het te converteren moet dit worden gedaan:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
en nu kan ik de database als volgt opvragen:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});