Dit is een probleem met machtigingen, je draait als mongod (of mongodb etc.) gebruiker wanneer je start via service, en je werkt waarschijnlijk als root (je bevestigt dit in de opmerkingen hierboven) wanneer je sudo gebruikt of als root aanroept. U moet de machtigingen voor alle bestanden in die map herstellen en de service nooit als root starten.
Om de bestanden te herstellen op basis van wat je hebt gepost, ervan uitgaande dat je relevante gebruiker mongodb is en de groep is mongodb, zou je het volgende doen met sudo (of als root) - vervang de juiste gebruiker voor je systeem:
chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongo
chown -R mongodb:mongodb /var/run/mongodb
chown mongodb:mongodb /var/log/mongo/mongod.log
Nadat u de machtigingen voor deze mappen hebt hersteld, zou u opnieuw via service moeten kunnen starten. Opmerking:als u de uitvoer van ls -al /var/lib/mongo dan kan ik je de exacte commando's geven die je moet uitvoeren