Je hoeft niet zo veel te ontsnappen. Je mag gewoon een enkel aanhalingsteken buiten de query gebruiken en een dubbele aanhalingsteken binnen, d.w.z. Maar pas op dat het type hex is, wat "03" betekent en niet "3"
mongodump --host localhost --db test --collection bd --query
'{"_id" : { "$binary" : "ryBRQ+Px0kGRsZofJhHgqg==", "$type" : "03" } }'