Ik had een soortgelijk probleem. Ik gebruik Spring Boot 1.5.9 en postgres 9.6, data.sql met inserts. De codering op data.sql was UTF-8, maar na de start van de toepassing waren er in DB speciale symbolen in plaats van Russische letters.
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8
Deze eigenschap in application.properties heeft geholpen.
Alle eigenschappen die verantwoordelijk zijn voor DB:
spring.datasource.jndi-name=java:/PostgresDS
spring.jpa.properties.hibernate.default_schema=my_scheme_name
spring.jpa.hibernate.ddl-auto = update
spring.jpa.show-sql = false
spring.jpa.properties.hibernate.dialect = org.hibernate.dialect.PostgreSQLDialect
spring.datasource.continue-on-error=true
spring.datasource.sql-script-encoding= UTF-8