Ik beantwoord hier mijn eigen vraag. Ik heb de partitiegroottes gecontroleerd met een simpele df commando en daar kon ik zien dat /var 100% vol was. Ik vond een archief dat iemand had achtergelaten dat 10 GB groot was. Dat verwijderd, MySQL gestart, PURGE LOGS BEFORE '2012-10-01 00:00:00' uitgevoerd query om ruimte vrij te maken en de mapgrootte /var/lib/mysql te verkleinen van 346GB naar 169GB. Terug naar master veranderd en alles werkt weer geweldig.
Hieruit heb ik geleerd dat onze logbestanden ZEER groot, ZEER snel worden. Dus ik ga een onderhoudsroutine opzetten om niet alleen de logbestanden bij te houden, maar ook om me te waarschuwen wanneer we een volledige partitie naderen.
Ik hoop dat iemand in de toekomst hier iets aan heeft dat tegen hetzelfde probleem aanloopt. Controleer uw schijfruimte! :)