De parameter connect_timeout is alleen geldig tijdens de verbinding. Het is handig om te controleren of uw DB-server binnen 20 seconden bereikbaar is. Eenmaal verbonden is de opgegeven time-out niet langer geldig.
Ik vind geen query-time-outparameter op de officiële mysql-handleiding:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html dus ik denk niet dat dit mogelijk is.