De configuratiebestanden zijn prima. De hoofdoorzaak is een bug in de MySQL 5.6-verpakking voor Ubuntu 16.04.
Als u uw /var/log/syslog controleert, ziet u waarschijnlijk een regel als deze:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Een beveiligingstool genaamd AppArmor ontzegt de toegang tot een gelinkt bestand (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Probeer deze tijdelijke oplossing, zodat symbolische links kunnen worden gelezen door mysqld.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Nu zou mysqld je aangepaste configuratie moeten zien.
Deze bug lijkt te zijn opgelost in het MySQL 5.7 Ubuntu-pakket.