Ik zou zeker voor een ORM gaan, tenminste als je aan een groot project werkt, waarvoor je mysqli_* niet wilt gebruiken of PDO-functies/-methoden rechtstreeks -- Doctrine
tegenwoordig het meest ontwikkeld/gebruikt zijn (Het is de standaard ORM van het symfony Framework, en kan vrij gemakkelijk in Zend Framework worden geïntegreerd) .
Over de E_DEPRECATED fouten, hoewel:PHP 5.3 is vrij jong, en veel bibliotheken/software/projecten zijn nog niet aangepast -- je zult er waarschijnlijk veel van hebben in de komende paar maanden :-(